《条例》规定，禁止食品小作坊生产加工保健食品，婴幼儿配方食品、特殊医学用途配方食品等特殊膳食食品以及乳制品、饮料、冷冻饮品、速冻食品、罐头、果冻。禁止食品小经营店经营婴幼儿配方食品、特殊医学用途配方食品以及裱花蛋糕、生食水产品。
《条例》还规定，食品小作坊、小经营店及摊贩不能生产经营病死、毒死或者死因不明的禽、畜、兽、水产动物肉类及其制品，违法生产经营的食品货值金额不足五千元的，并处二万元以上五万元以下罚款；货值金额五千元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款。如果违规且情节严重，食品生产经营者、直接负责的主管人员和直接责任人员可能面临五年内不得从事食品生产经营工作的处罚。
在法律责任划分上，《条例》区分了“三小”违法行为的性质，根据其生产经营特点和危害程度，针对不同的违法行为，设置相应的法律责任：对未备案、未登记等管理方面的违法行为应当以批评教育为主；对一般违反食品安全的违法行为设置相应处罚；对严重违反食品安全的违法行为设置严厉处罚。
对于流动摊贩的管理，《条例》要求，乡（镇）政府、街道办应根据实际需要，按照方便群众、合理布局的原则，征求社会公众意见，确定食品摊贩经营区域和时段，并向社会公布，鼓励食品摊贩进入区域经营。在确定区域外，乡（镇）政府、街道办可根据群众需求，在不影响安全、交通、市容等情况下，临时确定区域和时段供食品摊贩经营，食品摊贩经营区域和临时区域可以设定期限。但幼儿园、中小学校周边不得确定为食品摊贩经营活动区域。
